灌溉是以人力供給農作物生長期所必需的水分；排水是以人工排除農作物生長期中過剩的水分。在一般田間作業，農田有水利會規劃的供水圳溝系統，一旦遇到春耕前冬季蓄水量不足，就會有被強迫休耕的風險，所以，有些農民會想盡方法保持水源，如使用深水井抽取地下水，或引排水溝內的水使用，也因此引發很多嚴重問題產生，致使消費者及農民都受害，如河川、地下水重金屬汙染所生產出來的「鎘米」社會事件。
一般農地使用水最好先和當地水利局的承辦人員，先把關係打好，以便可以得到第一優先的資訊，也可以諮詢當地近幾年的供水情形，如果是經常性地被勸導休耕，那就要選擇放棄耕作需水量大的水稻，改種植較耐旱的適地適種的農作物，如陽光充足可種植火龍果、蘆薈、龍舌蘭、仙人掌、天人菊、向日葵等之類。
灌溉方式也需要節約用水是一項很重要的工作，以以色列是缺水國家，在農作物的灌溉都是實行以滴灌方式，滴灌方式在初期投入管線成本後，即可長期年年使用，是一項值得投資的水資源設施，但以台灣耕作習慣較少農民會使用滴灌。
如果是偶爾休耕的農地，要先有雜草和病蟲害管理規劃，以避免休耕期逐漸喪失地利，可種植地被植物如小油菊兼具觀賞和作物收成，乾燥後可泡茶飲用，
每種植物需水量不同，以電磁探測儀器等技術可偵測水分之分布，是以水的導電度數據來偵測得知。
蒸發散：土壤由上散失，以包含土壤及植物葉面總量。植物葉面上頁表氣孔蒸散水分。
入滲：由土壤表面往下滲入表土下，在由表土往下滲漏。
在生態農業的水資源管理上，這是不能忽視的重要課題，當選擇場域作為生態農業的場址時，首重在水資源的規劃上，以林地、山坡地來看，當翻開山坡地的腐質層內土壤是呈現結塊且是乾燥的狀態下，可以判斷是缺水的土壤區域，就要放棄有農作物的栽種，改種耐旱樹種紫檀、忍冬、橄欖、構樹、柿子、台灣相思樹、雪松、棕櫚樹…等。
生態農業在林地以混農林業會比較容易水資源管理，當設施規劃上有雨水收集系統、山泉水收集桶等，對於乾旱期的灌溉不會有太大的衝擊，且高大喬木對於「不透水層」水資源保留發揮到保水功能。
森林地提供大量之有機質或腐植質，每公頃林地每年約可產生一至十公噸的有機物質，每平方公分林地一年中可累積一至三公克之乾物質重。此等物質能促進及穩定土壤的團粒作用；腐植質含量高之土壤﹝特別是含有新腐植質之土壤﹞，其土壤之團粒構造發達，常出現多量的大孔隙或粗孔隙，使土壤具有良好的通氣性與透水性，有利於水分入滲。
土壤孔隙率可作為評估集水區有效貯水容量之指標，森林土壤中發達的孔隙構造以及豐沛之地下水係林地發揮『綠色水庫』功能的主要原因。此外，有機質或腐植質本身亦可提高土壤之保水、蓄水能力。腐植質及其分解後所產生之有機質均可吸附大量水分：腐植質能從濕潤的空氣中吸取水分達到其本身重量之80-90%，當其浸水時，體積大為膨脹，更能容納其本身體積2-6倍的水。
摘自http://kdais.coa.gov.tw/htmlarea_file/web_articles/kdais/1696/25-5-06.txt
電導度代表了土壤中水溶性鹽類的濃度。電導度越高代表土壤中的養分越多，但如果電導度太高，反而造成「鹽害」，對植物的生長不利。灌溉水質的標準，電導度不得超過750μmho/cm（也就是0.75mS/cm）。
以栽種前深耕翻土60公分運作一次以後，可以改變土壤體質，其作用在於鬆散地表下的壓實層土壤，以利雨水到深層土壤微生物發生分解有機質的作用。土壤溫度對果樹影響很大，當土壤有刺鼻味是放射菌的味道，是有微生物作用的土地溫度是微溫。旱田作物較淺層根系無法伸展往下，限制植物攝取水分與養分的能力。
土壤層內有灰斑出現，灰斑顏色相似鐵鏽色，是氧化還原發生才會有此狀況，表示土壤排水不良所產生灰斑。
植物的澆灌作業也可以採取「馴化」訓練，其作用在於不給予植物太優勢生長環境，使植物能順應氣候變遷而能繼續保有其生命力，如種植的在炎熱夏天草花和灌木，每天需要澆灌早晚各一次，而以每天黃昏後只澆灌一次，等適應了一天一次的方式後，再改變給予二天一次的澆灌，當然，有時會有凋亡植株，但順應了其給水方式後，植物的抗旱性會增加，這是我親自做過草花和灌木的馴化經驗，有時外出或出國3~5天回來時，大部分的樹葉枝幹都呈現軟化枯萎凋零現象，但一經過給予充足水分後，就會很快抬頭挺胸的綠意盎然。
