在日本「自然農法的原理是發揮土壤本身的自然力！」，一定要先了解土壤才能種植適種的作物。了解土壤的表土、硬土層、心土，還有特性、微生物、酸鹼值、結構、成分等，表土下是關係到植物的根系「伸」長，當植物根系伸長不開來就無法抓住營養，進而影響其抗病能力和生長。
自然農法不是放任不管自生自滅適者生存，那叫懶人農法。自然農法需是要先了解土壤，用最科學的方式以分區方式繪圖和記載，土壤要有排水、軟硬度、日照、風向、乾濕度、腐植質是否豐富、地形高低、積水低窪區及周遭環境等都要繪製在圖上或記載。
自然農法所用的有機肥全部來自於農場內，對於外來的有機肥料是不使用，原因以其製作或生產過程中，無法確認任何環節是否被摻入化學藥劑。例如；雞糞來源的雞群是否施打抗生素或生長激素，或雞群食物來源是否來自已被添加物的污染，很難明確追蹤查證，所以雞糞堆肥只使用自有農場。
在日本自然農法施作上會要求土壤鬆軟度，要能夠可以手力插入土壤內2公尺深度，如無法達此要求可先深度翻土，加入農場區的自製堆肥來改善土壤。
先以小面積如塌塌米大小為一個小區試種，可以規劃不同時間種植不同作物(輪作)，作物畦間種植不同作物(間作)，相同的畦栽種不同作物，周圍種高度作物(如高粱、田菁、玉米)作為阻擋天敵作用。
以留種於農的作法，可以每畦栽種不同品種加以標示紀錄，如可同時種植稻米台梗九號、益全香米、越光米等品種。
輪作目的可防蟲、預防疾病、相互促進生長、營造田間環境利用(教育、美觀、怡情)，可選擇一個目的施作無法實現所有目的，先實驗興趣試作，找出符合當地品系的作物。
混作要注意根系不同，深根系搭配淺根系，種植不同科為原則，韮、蔥、茄子種再一起，根系可以在一起，植株較高與植株較低作物好光性植物搭配喜好半陰性作物。吸肥作物搭配固氮作物。，以不相互干擾生長且能互利共生為原則。
但須格外注意有些作物是不能栽種一起，如:十字花科與茄科、芝麻；番茄和馬鈴薯；白蘿蔔和蔥；芹菜和豆科；迷迭香、薰衣草不可和各種作物混作。
共生植物是栽種可互相促進生長和驅離病蟲害的效果，如栽種草莓和蔥、番茄和韭菜。病蟲害防治以栽種忌避植物，種植萬壽菊防治線蟲病害，大豆綠肥作為雜草管理也可覆蓋田間遮擋日照。
周邊植物、障蔽植物是可以讓天敵覓食和繁殖的處所，如艾草讓天敵居住以防止病害，必須具備4個條件(1)並非會攻擊栽培作物之食餌植物；(2)不會與栽培作物競爭營養和光照等；(3)不會產生影響栽培作物的相剋植物；(4)不會雜草化。
每一個地區土壤都有其特性，應以適合當地現有品種為第一優先，避免栽種外來不明物種 ，而影響到原生物種的生存。
在台灣中部區有一位有機農民為了種植有機，在土壤未種植前就深挖3M的土壤棄置，再用自己改良過的土壤填入，這是被一位日本人發現後深感佩服其有機觀念。
其實有人曾說在台灣做有機農業會餓死，指的是產量少又被蟲給先吃光了，所以設施農業才會興起。
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